Di Semarang, Sunan Pandanaran bertempat tinggal di wilayah Pragota, atau wilayah yang saat ini dikenal dengan sebutan Bergota di Kelurahan Randusari, Semarang Selatan. Wilayah yang disebut terakhir ini, pada masa berikutnya, berubah menjadi kompleks makam terbesar di Kota Semarang. Beberapa tokoh besar Kota Semarang, dimakamkan di kompleks ini. Dua di antaranya yang dapat disebut adalah Syaikh Soleh Darat, maha guru dari K.H. Hasyim Asy’ari (pendiri Nahdlatul Ulama) dan K.H. Ahmad Dahlan (pendiri Muhammadiyah). Bergota (atau Pragota) dahulu adalah wilayah kota lama Semarang karena proses pengendapan. Wilayah yang kemudian dikenal dengan nama Semarang ini, diberikan oleh penguasa Kerajaan Demak, Raden Patah kepada Sunan Pandanaran I (Wawancara dengan Suwarno, Petugas Jaga Makam Sunan Pandanaran I, 17 Juni 2019).

Sunan Pandanaran I memiliki banyak gelar, yaitu Ki Ageng Pandanaran, Maulana Islam, dan Sunan Semarang. Sosok ini sering kali dikaburkan dengan sosok lain yang menggunakan gelar yang sama, yakni Sunan Pandanaran II atau yang dikenal juga dengan sebutan Sunan Bayat atau Sunan Tembayat di Klaten Jawa Tengah. Namun, penelusuran sumber menyimpulkan bahwa kedua sosok ini adalah sosok yang berbeda dan merupakan ayah-anak. Terdapat beberapa versi mengenai nasab Sunan Pandanaran I. Versi lain menyebutkan bahwa Sunan Pandanaran I adalah putra dari Pati Unus (Raden Muhammad Yunus) atau Pangeran Sabrang Lor. Pati Unus, sejatinya berhak menjadi Sultan Demak menggantikan ayahandanya, Raden Patah. Namun, ia memilih untuk keluar dari dunia politik dan menekuni agama.

Selain kedua versi di atas, ada pula versi yang menyatakan bahwa hubungan antara Sunan Pandanaran I dan Pati Unus adalah anak angkat dengan ayah angkat. Pati Unus mengangkat Sunan Pandanaran I sebagai anak, karena ibunda Sunan Pandanaran I, Syarifah Pasai adalah adik dari Pati Unus. Syarifah Pasai, ibunda dari Sunan Pandanaran I, juga dimakamkan di kompleks Makam Mugas, berdampingan dengan Syaikh Maulana, sahabat Sunan Pandanaran I. Mengenai nasab Sunan Pandanaran I menurut versi pertama adalah sebagai berikut: Sunan Pandanaran I (Sayid Abdul Qadir) bin Maulana Ishaq bin Ibrahim Zainuddin Al-Akbar bin Jamaluddin Al-Husain bin Ahmad Jalaluddin bin Abdillah Azmatkhan bin Alwi Ammil Faqih bin Muhammad Shahib Mirbath bin Ali Khali’Qasam bin Alwi At-Tsani bin Muhammad Sohibus Saumi’ah bin Alwi Awwal bin Ubaidillah bin Ahmad Al-Muhajir bin Isa Naqib Ar-Rumi bin Muhammad An-Naqib bin Ali Al-Uraidhi bin Ja’far As-Shodiq bin Muhammad Al-Baqir bin Ali Zainal Abidin bin Sayyidina Husain bin Sayyidah Fatimatus Zahra binti Rasulullah Saw.