Apa yang masih tersisa dari Keraton Pajang hanyalah sisa-sisa kayu yang dahulu diyakini merupakan gethek atau rakit bambu yang pernah dinaiki oleh Jaka Tingkir saat melawan buaya. Kemudian, sebuah batu yang dahulu menjadi tempat bersemadi juga masih dapat dijumpai di sini. Sebuah sendang yang airnya selalu jernih meskipun terletak di pinggir sungai yang keruh dan kotor, masih diyakini oleh banyak orang membawa keberkahan. Konon, air sendang ini juga dipercaya dapat menyembuhkan penyakit jika air ini dipakai untuk mandi atau cuci muka. Di sini juga masih terdapat beberapa artefak peninggalan masa lalu.

Namun sayangnya, lokasi ini telah tertutup oleh bangunan baru yang sengaja dibuat untuk menyelamatkan petilasan. Terdapat sebuah pendopo, beberapa buah patung, beberapa bangunan penunjang lainnya yang secara keseluruhan lebih mirip sebuah taman. Upaya untuk menghidupkan situs Pajang ini dilakukan pada 1993 oleh Paguyuban Marsudi Petilasan Keraton Pajang dan terus berlanjut. Bahkan, pendopo diubah mirip seperti keraton masa lalu lengkap dengan dinding bata dan atap sirap. Akan tetapi, sayangnya upaya ini belum tercapai karena belum ada dana yang memadai. Kondisi Petilasan Keraton Pajang sangat memprihatinkan. Pendanaan dari petilasan keraton ini hanyalah berasal dari dana swadaya para peziarah dari adanya acara rutin Jumat Legen berupa doa bersama atau tahlil yang dipimpin oleh juru kunci. Selain itu, keberlangsungan situs Pajang, hanya ditunjang dari kerabat keturunan saja. Pihak Keraton Surakarta maupun Yogyakarta tidak pernah memberikan bantuan apa pun untuk perawatan. Demikian pula dengan Dinas Pariwisata Pemda Kabupaten Sukoharjo.

Yayasan Kesultanan Keraton Pajang berencana membuat museum untuk Petilasan Keraton Pajang. Di museum ini akan diisi dengan replika-replika warisan budaya yang sempat tenggelam selama kurang lebih 424 tahun lalu. Hal ini dilakukan untuk melestarikan dan membangkitkan kembali Cagar Budaya Kesultanan Keraton Pajang. Dengan cara inilah peninggalan sejarah akan lebih mudah dilakukan dan sejarah bisa diluruskan. Museum ini rencananya akan lebih mengarah pada edukasi, ilmu pengetahuan, kebudayaan, pariwisata, dan untuk melestarikan cagar budaya. Pewaris Tahta Keraton Pajang, yaitu Kanjeng Raden Adipati Suradi Joyo Negoro telah mendaftarkan Keraton Pajang pada UNESCO melalui Yayasan Keraton Nusantara. Bangunan yang kini telah ada di antaranya adalah Balai Agung Kasultanan Keraton Pajang dan Kedhaton yang terletak di samping Petilasan Keraton Pajang.